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| 【１９９９年ファーストステージ順位表】 | ||||||
| 順位 | チーム | 勝点 | 勝ち | 分け | 負け | 得失点 |
| 1 | ジュビロ磐田 | 34 | 12 | 0 | 3 | 14 |
| 2 | ヴェルディ川崎 | 32 | 11 | 1 | 3 | 5 |
| 3 | 清水エスパルス | 30 | 10 | 1 | 4 | 5 |
| 4 | 柏レイソル | 29 | 10 | 0 | 5 | 8 |
| 5 | セレッソ大阪 | 29 | 10 | 0 | 5 | 4 |
| 6 | サンフレッチェ広島 | 27 | 9 | 0 | 6 | 12 |
| 7 | 横浜Ｆ・マリノス | 23 | 8 | 1 | 6 | 11 |
| 8 | 名古屋グランパスエイト | 21 | 7 | 1 | 7 | 7 |
| 9 | 鹿島アントラーズ | 18 | 6 | 1 | 8 | 4 |
| 10 | ガンバ大阪 | 17 | 6 | 0 | 9 | -4 |
| 11 | アビスパ福岡 | 16 | 6 | 0 | 9 | -7 |
| 12 | ヴィッセル神戸 | 15 | 5 | 1 | 9 | -4 |
| 13 | 浦和レッズ | 13 | 3 | 4 | 8 | -12 |
| 14 | 京都パープルサンガ | 12 | 4 | 0 | 11 | -10 |
| 15 | ジェフユナイテッド市原 | 12 | 4 | 2 | 9 | -15 |
| 16 | ベルマーレ平塚 | 9 | 3 | 0 | 12 | -18 |
| 【１９９９年セカンドステージ順位表】 | ||||||
| 順位 | チーム | 勝点 | 勝ち | 分け | 負け | 得失点 |
| 1 | 清水エスパルス | 35 | 12 | 0 | 3 | 15 |
| 2 | 名古屋グランパスエイト | 33 | 11 | 1 | 3 | 9 |
| 3 | 横浜Ｆ・マリノス | 30 | 10 | 2 | 3 | 15 |
| 4 | 柏レイソル | 29 | 10 | 1 | 4 | 5 |
| 5 | セレッソ大阪 | 24 | 9 | 0 | 6 | 15 |
| 6 | 鹿島アントラーズ | 22 | 8 | 0 | 7 | 12 |
| 7 | ヴィッセル神戸 | 22 | 7 | 3 | 5 | -3 |
| 8 | サンフレッチェ広島 | 21 | 7 | 1 | 7 | -1 |
| 9 | 京都パープルサンガ | 19 | 7 | 0 | 8 | -10 |
| 10 | ヴェルディ川崎 | 17 | 6 | 1 | 8 | -5 |
| 11 | ジェフユナイテッド市原 | 16 | 6 | 0 | 9 | 0 |
| 12 | ジュビロ磐田 | 15 | 5 | 1 | 9 | -4 |
| 13 | ガンバ大阪 | 15 | 5 | 1 | 9 | -6 |
| 14 | 浦和レッズ | 15 | 5 | 1 | 9 | -7 |
| 15 | アビスパ福岡 | 12 | 4 | 1 | 10 | -11 |
| 16 | ベルマーレ平塚 | 4 | 1 | 1 | 13 | -24 |
| チャンピオンシップ試合結果 | ||||||
| ☆ジュビロ磐田☆ Ｈ | 2-1 | Ａ | 清水エスパルス | |||
| Ａ | 1-2 | Ｈ | ||||
| 4-2 | ||||||
| PK | ||||||
| １９９９年 年間得点王 | ||||||
| 1 | 黄善洪（セレッソ大阪） | ２４得点 | ||||
| 2 | 城彰二（横浜マリノス） | １８得点 | ||||
| 3 | バロン（ジェフユナイテッド市原） | １７得点 | ||||
| 4 | 久保竜彦（サンフレッチェ広島） | １３得点 | ||||
| 5 | 福田正博（浦和レッズ） | １２得点 | ||||
| 5 | 久保山由清（清水エスパルス） | １２得点 | ||||
| 5 | ストイコビッチ（名古屋グランパスエイト） | １２得点 | ||||
| 5 | 呂比須ワグナー（ベルマーレ平塚） | １２得点 | ||||
| 5 | 森島寛晃（セレッソ大阪） | １２得点 | ||||
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